Фамилия Нифантьева образована от просторечной формы Нифантий, которая восходит к церковному имени Нифонт (Нифонтий). В переводе с греческого это имя означает «трезвый, рассудительный», что указывает на качество, которое, вероятно, ценили в предке-основателе рода. Потомки человека по имени Нифантий со временем закрепили за собой фамилию в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ев, отвечающего на вопрос «чей?» — то есть «сын Нифантия».

Само имя Нифонт в православных святцах встречается нечасто, что делает и фамилию, и её основу довольно редкими. Чаще всего такие имена бытовали в церковной среде или среди людей, тесно связанных с монашеством, поскольку прославились несколько святых с этим именем — например, епископы и пустынники. Однако просторечный вариант Нифантий указывает на то, что имя не осталось только в книжной традиции, а использовалось в быту, в крестьянской или посадской среде, где его адаптировали под привычное произношение.

Суффикс -ев, а не более распространённый -ов, появился потому, что основа имени заканчивалась на мягкий согласный — «ть». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён на -ий, -ей, -а: аналогично возникли, например, фамилии Евсевьев или Артемьев. Таким образом, Нифантьева — не исключение, а закономерный результат народной переработки церковного имени.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — НифАнтьева, хотя в некоторых говорах можно услышать вариант с ударением на первый. Сама фамилия встречается преимущественно в северных и центральных регионах России, где были сильны старообрядческие традиции, сохранявшие редкие календарные имена. Впрочем, точной географической привязки к одному уезду или губернии нет: носители фамилии рассеяны по всей стране, что говорит о давнем распространении имени ещё в допетровскую эпоху.

Если сравнивать Нифантьеву с однокоренными фамилиями — Нифонтов, Нифонтовский, Нифантов — то именно форма с -ев выглядит наиболее «народной», тогда как Нифонтов чаще встречается в документах духовного сословия, где придерживались книжного произношения имени. Встречающееся изредка написание через «а» во втором слоге (Нифантьев) — следствие аканья, то есть совпадения безударных «о» и «а» в произношении, что отразилось и на письме.

Таким образом, фамилия Нифантьева — это память о редком имени, которое когда-то давали при крещении, подчёркивая трезвость ума и рассудительность его носителя. За долгие века имя стёрлось из повседневного обихода, но сохранилось в фамилии, передаваясь из поколения в поколение как семейный знак.