Основой фамилии Нифантьева послужило церковное имя Нифонтий. Нифантий — просторечный вариант редкого имени Нифонтий (Нифонт), которое в переводе с греческого означает «трезвый, рассудительный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нифантий, со временем получил фамилию Нифантьева.