Фамилия Нифантьев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Нифантьев послужило церковное имя Нифонтий. Нифантий — просторечный вариант редкого имени Нифонтий (Нифонт), которое в переводе с греческого означает «трезвый, рассудительный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нифантий, со временем получил фамилию Нифантьев. О точном месте и времени возникновения фамилии Нифантьев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Нифантьев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.