Фамилия Нифанин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Нифанин послужило церковное имя Нифонт. Нифаня — просторечный вариант редкого имени Нифонт, которое в переводе с греческого означает «трезвый, рассудительный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нифаня, со временем получил фамилию Нифанин. О точном месте и времени возникновения фамилии Нифанин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Нифанин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.