Фамилия Нифанины происходит от просторечной формы старинного канонического имени Нифонт. На Руси это редкое греческое имя, означающее «трезвый, рассудительный», в обиходе часто превращалось в короткое и удобное Нифаня. Так могли называть человека в семье, среди соседей, и именно от этого бытового варианта, а не от полной церковной формы, и пошла фамилия.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: к основе Нифан- добавили притяжательный суффикс -ин, который указывал на принадлежность. Первоначально Нифанин — это ответ на вопрос «чей сын?», то есть «сын Нифани». Со временем форма закрепилась как родовое прозвание, а затем и как официальная фамилия потомков.

Интересно, что фамилия сохранила именно народное, разговорное звучание имени. Если бы предки ориентировались на церковное написание, мы бы имели дело с фамилией Нифонтов. Выбор просторечного варианта говорит о том, что имя бытовало в крестьянской или посадской среде, где живые формы часто вытесняли книжные.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования родовых имен в разных регионах растянулся на столетия. Однако сам факт, что редкое имя Нифонт дало устойчивую фамилию, показывает, насколько разнообразным был именослов наших предков. Сегодня фамилия Нифанины встречается нечасто, что делает её своеобразным маркером: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, сохранивших память о своем родоначальнике Нифане.