Фамилия Нифанина происходит от просторечного имени Нифаня — народной формы редкого канонического имени Нифонт. В переводе с греческого оно означает «трезвый, рассудительный». Так что ответ на главный вопрос читателя прост: предком носительницы или носителя этой фамилии был человек, которого в быту звали Нифаней.

Имя Нифонт в святцы попало благодаря византийскому монаху Нифонту Констанцскому, но на Руси оно никогда не было частым. Просторечная форма Нифаня возникла естественным путём: окончание -я типично для обиходного сокращения имён (вспомним Степан — Степаня, Афанасий — Афоня). Именно эта форма и легла в основу фамилии, что говорит о среде её возникновения. Скорее всего, основатель рода Нифаниных был человеком из простого сословия — в крестьянской или посадской среде полные имена использовали реже, а вот уменьшительные, наоборот, цеплялись к человеку на всю жизнь и переходили его детям.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Нифанина — это «дочь Нифани», «жена Нифани» или «из рода Нифани». Такая модель типична для северорусских и центральных русских говоров, где притяжательные прилагательные на -ин образовывали фамилии от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Мужской вариант фамилии — Нифанин, женский — Нифанина, и оба они закрепились в документах как неизменяемые по роду.

Стоит отметить и редкий корень. Если фамилии Нифонов, Нифонтов встречаются, то Нифанин — большая редкость. Это делает фамилию своеобразным маркером: её носители, вероятно, происходят из локальной ветви, где имя Нифонт передавалось из поколения в поколение, пока не закрепилось в качестве родового прозвания. В переписных книгах XVII века такие фамилии фиксировали за крестьянами и посадскими людьми, но конкретных документальных свидетельств о первых Нифаниных в открытых источниках нет — исследователям чаще приходится опираться на сам словообразовательный анализ, чем на архивные записи.

В целом фамилия Нифанина — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через народную переделку, закрепилось в роду. Она не несёт в себе указания на ремесло или прозвище, а прямо говорит о личном имени предка, его характере (трезвый, рассудительный) и о том, что он был человеком простого звания.