Фамилия Нифанин образована от просторечного имени Нифаня — так в народе называли обладателей редкого канонического имени Нифонт. В переводе с греческого оно означает «трезвый, рассудительный». Потомки человека, носившего это имя, со временем получили фамилию Нифанин.

Сама форма Нифаня — яркий пример того, как книжное церковное имя осваивалось в живой речи. Имя Нифонт звучало для повседневного общения слишком торжественно и непривычно, поэтому в быту его сократили и переделали на русский лад, добавив типичный для обиходных имён суффикс -аня. Такая модель встречается во множестве русских фамилий: рядом с Нифаниным логично встают Степанин (от Степан), Фомин (от Фома), но в случае с Нифонтом цепочка длиннее — сначала переосмыслили имя, и только потом от его народной формы возникла фамилия.

Суффикс -ин в окончании указывает на принадлежность: Нифанин — это «сын Нифани». Такая модель широко распространена в северорусских и центральнорусских землях, где фамилии на -ин столь же привычны, как и на -ов. Само имя Нифонт в святцы попало благодаря византийскому святому Нифонту Констанцскому, однако широкого распространения на Руси оно не получило, оставшись редким. Поэтому и фамилия Нифанин встречается нечасто, но именно эта редкость делает её точным маркером: предки носителя, скорее всего, жили в местности, где имя Нифонт знали и уважали, но переиначили на свой лад.

Стоит различать Нифанина и похожие по звучанию фамилии. Например, Нифантьев — тоже от Нифонта, но через более близкую к исходнику форму Нифантий. А вот Нифанов, если он не вариант того же имени, может восходить к прозвищу от глагола «нифать» или к диалектным словам, что маловероятно, но полностью исключать такую версию нельзя. В случае с Нифаниным связь с именем Нифонт прослеживается напрямую и сомнений не вызывает.

В документах фамилия фиксируется с XIX века, когда основная масса крестьянства получила обязательные фамилии. Тогда же имя Нифонт уже почти вышло из употребления, и закрепление фамилии Нифанин закрепило память о предке, которого в семье звали именно Нифаней. Сегодня фамилия остаётся редкой, и её носители могут быть уверены: их родовая линия идёт от человека, которого современники ценили за трезвый ум и рассудительность.