Фамилия Нифанова (а также её более редкий вариант Нефанова) происходит от крестильного имени Нифонт, точнее — от его народной, обиходной формы Нифан. В святцах это имя известно в церковной форме Нифонтий, и именно от неё по правилам русского произношения и образовалось просторечное Нифан. Само имя восходит к греческому слову со значением «трезвый, рассудительный», что в переносном смысле понималось как «здравомыслящий, благоразумный человек».

За именем стоит конкретный исторический персонаж — преподобный Нифонт, епископ Кипрский, живший в IV веке. Родился он в области Пафлагония в Малой Азии, а образование получил в Константинополе. Житие рисует необычный путь: в детстве мальчик был кротким и богобоязненным, часто ходил в церковь, но в юности, поддавшись дурному влиянию, стал вести жизнь далеко не праведную. Перелом наступил, когда он осознал глубину своих грехов и начал слезно молить о прощении. По преданию, после тяжёлой болезни, от которой его исцелила Богородица, Нифонт принял иноческий постриг и усилил подвиги покаяния. Уже в преклонном возрасте его поставили епископом города Констанции на Кипре, где он и прославился строгостью жизни и даром прозорливости.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную для русских фамилий модель притяжательного прилагательного: Нифанов буквально означает «сын Нифана» или «человек из рода Нифана». Это патронимическая фамилия, то есть образованная от личного имени отца. В старину имя Нифонт не было редкостью среди духовенства и простых крестьян, но и массовым его не назовёшь, поэтому фамилия встречается заметно реже, чем, скажем, Иванов или Петров.

Встречаются и параллельные написания: через «е» (Нефанов) и через «и» (Нифанов). Это не ошибка, а отражение живой народной традиции произношения: безударный звук после мягкого согласного в разных говорах звучал то как «и», то как «е». Поэтому обе формы законны и восходят к одному источнику.

В исторических документах фамилия фиксируется с конца XIX — начала XX века. Например, в метрических книгах Вологодской губернии упоминается Нифанов Николай Александрович, родившийся в 1892 году в селе Старое Междуреченского района. Это лишний раз подтверждает, что фамилия бытовала в северорусских землях, где имя Нифонт было в ходу благодаря почитанию святых с таким именем.

Таким образом, Нифанова — фамилия с прозрачной этимологией, восходящая к христианскому имени, которое несло в себе пожелание трезвости ума и благоразумия. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были людьми церковного круга или крестьянами, получившими имя по святцам в честь кипрского епископа.