Фамилия Нифантьев образована от просторечной формы Нифантий церковного имени Нифонт (Нифонтий). В переводе с греческого оно означает «трезвый, рассудительный». Так что, если коротко, Нифантьев — это потомок человека по имени Нифантий.

Имя Нифонт пришло на Русь вместе с христианством, но в народной среде быстро обрастало разговорными вариантами. Нифантий — один из них, более удобный для произношения, чем книжное Нифонт. От этой обиходной формы и пошла фамилия.

Словообразовательная модель здесь классическая: к основе Нифант- добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность. Первоначально Нифантьев означало «сын Нифантия», «чей-то из семьи Нифантия». Такие фамилии на -ев и -ов массово складывались в XV–XVII веках, когда закреплялись за крестьянскими и посадскими родами.

Имя Нифонт в святцах встречается нечасто, а потому и фамилия Нифантьев относится к числу редких. Носители её могли жить в разных уголках России, но чаще всего встречались там, где церковный календарь соседствовал с живой народной традицией переделывать имена на свой лад.

Стоит заметить, что в документах попадаются и варианты Нифонтов, и Нифонтьев — от полной формы имени. Нифантьев же закрепился именно за разговорным произношением, что делает его особенно интересным: фамилия сохранила то, как имя звучало в повседневной речи, а не в богослужебных книгах.