Фамилия Нифатовы — это классический пример русской «сыновьей» фамилии: она образована от личного имени прямого предка по мужской линии. В своей основе лежит имя Нифат, которое исследователи считают просторечной, народной формой канонического крестильного имени Вонифатий. В переводе с латыни это имя означает «благотворный», «творящий добро», хотя встречается и трактовка «добрая судьба». Имя было популярно в среде простых людей, которые переделывали сложные для произношения церковные имена на свой лад, поэтому в документах XVII–XIX веков нередко встречались Нифаты наравне с официальными Вонифатиями.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: к основе Нифат добавили типичный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность роду. Первоначально форма Нифатов означала «сын Нифата», а затем закрепилась как наследственное родовое прозвание. Такая схема — самая распространённая в русской ономастике, о чём писал, в частности, Б. Унбегаун в своём труде о русских фамилиях. Поэтому версия о происхождении от крестильного имени выглядит наиболее правдоподобной и естественной.

Существует и альтернативная, но гораздо менее вероятная гипотеза, связывающая фамилию с названием горы Нифат в Армении. Сторонники этой версии возводят топоним к библейскому имени Иафет, толкуя его как «да распространится». Согласно этому предположению, основатель рода Нифатовых мог жить вблизи этой горы и получить прозвище по месту обитания. Однако для русской фамильной традиции такая привязка к далёкому кавказскому топониму выглядит натянутой: гораздо логичнее, что человек с именем Нифат просто передал его своим детям, а те уже стали Нифатовыми.

Интересно, что форма Нифатов — это более старый и книжный вариант, тогда как в народной среде бытовала и другая, с ударением на последний слог: Нифатóв. Встречаются также родственные фамилии Нифатовский, Нифатьев и даже Нифантьев, образованные от той же основы, но с разными суффиксами. Это говорит о том, что имя Нифат было достаточно распространено в разных регионах России и дало жизнь целому гнезду однокоренных родовых прозваний.

Точное время возникновения фамилии Нифатовы установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и окончательно они закрепились лишь к XIX веку. Скорее всего, предки современных Нифатовых были крестьянами или посадскими людьми, поскольку именно в этих сословиях чаще всего использовали упрощённые формы церковных имён. Тем не менее, фамилия сохранила память о древнем имени, которое сегодня почти вышло из употребления, и потому представляет собой любопытный памятник русской культуры и письменности.