Фамилия Найфонова напрямую связана с осетинским именем Найфон, и её корни уходят в историю Алагирского ущелья. Чтобы понять происхождение фамилии, нужно обратиться к древним преданиям об Ос-Багатаре — легендарном предке осетин. Согласно этим сказаниям, у Ос-Багатара было три сына: Тымбол, Найфон и Уласых. Со временем их потомки разделились на три родовых колена — Найфонтæ, Тымболатæ и Уæлæсых. Таким образом, основатель рода Найфоновых, носивший имя Найфон, дал начало целой фамильной ветви, а его потомки со временем закрепили за собой фамилию Найфонова.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию с арабским словом naifi, которое переводится как «выгодный, прибыльный». Сторонники этой гипотезы предполагают, что предок Найфоновых мог быть состоятельным человеком, однако она не находит серьёзной поддержки у исследователей. Дело в том, что арабское влияние на осетинскую антропонимику в Алагирском обществе было незначительным, а имя Найфон прочно вписано в местный фольклор и генеалогические предания. Поэтому версия об осетинском происхождении выглядит гораздо правдоподобнее.

Интересно, что фамилия сохранила свою форму с суффиксом -ов, что типично для русской адаптации осетинских фамилий. В самой Осетии фамилия чаще звучит как Найфонтæ, а форма Найфонова закрепилась уже в русскоязычной среде. Процесс формирования фамилий был долгим, и точно определить, когда именно потомки Найфона получили фамилию в её современном виде, можно лишь на основе серьёзных генеалогических исследований. Однако сам факт, что фамилия дожила до наших дней, говорит о том, что род Найфоновых сумел сохранить память о своём легендарном предке.