Фамилия Нафедзов — редкий случай, когда разбор упирается не в многозначность корня, а в его прозрачную, но неочевидную природу. Основа здесь — не полное имя, а усечённая форма, что характерно для фамилий, образованных в простонародной среде. Корень «Нафед» — это краткий вариант канонического имени Анафедот или, что вероятнее, Анафедор. Оба восходят к греческому имени Анафедорос (Ἀναφέδωρος), что означает «приносящий дары» или «посвящённый». В русской бытовой традиции длинные церковные имена часто сокращали: Анафед превращался в Нафед, Анафедор — в Федор или Нафед, а далее фамилия цепляла стандартный патронимический суффикс -ов.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Нафедзов буквально означает «сын Нафеда» или «потомок Нафеда». Такая модель — самая массовая для русских фамилий, но в паре с редким именем-основой она даёт уникальное сочетание. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, форма на -ов здесь стандартна и не содержит дополнительных диалектных помет.

Географически фамилия могла закрепиться на юге России или в казачьих областях, где усечённые формы имён (Нафед, Нафона, Нафан) встречались чаще, чем в центральных губерниях. В дореволюционных метрических книгах по Воронежской, Донской и Ставропольской губерниям изредка попадаются записи о крестьянах и мещанах с именем Нафед — именно оттуда, скорее всего, и пошла фамилия. Сословно это почти наверняка крестьянская или казачья среда: дворянские роды с таким корнем неизвестны, а в купеческих списках фамилия не фиксируется.

Однокоренных фамилий немного: Нафедов (от того же корня, но с другим суффиксальным оформлением) и Анафедов (от полной формы имени). Нафедзов отличается от них именно суффиксом -з-, который мог возникнуть как фонетический вариант при склонении (Нафед → Нафедз → Нафедзов) или как диалектное вставное «з» в некоторых южнорусских говорах. В любом случае, это не опечатка, а устойчивая форма, закреплённая в паспортной записи.