Фамилия Нафеева — женская форма фамилии Нафеев. Её основа и суффикс указывают на русскую модель образования от прозвища или имени, но с нетипичным для славянских языков корнем. Разберём состав: корень «Нафе(й)» и суффикс принадлежности -ев, который в русских фамилиях означает «чей-то», «сын такого-то» или «потомок такого-то». Мужская форма — Нафеев — образована по той же схеме, что и Иванов, Петров, но от гораздо более редкого исходного слова.

Самая вероятная версия происхождения — от тюркского имени или прозвища Нафей. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть корень «наф» или «нафи», восходящий к арабскому «нафи» — полезный, благотворный, приносящий пользу. Это имя нередко встречается в исламской традиции. В русской среде такое имя могли дать человеку из татарской, башкирской или другой тюркской семьи, а затем, при переходе в православие или при русификации, оно превратилось в фамилию с русским окончанием -ев. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где исторически было сильное татарское и башкирское влияние.

Менее вероятная, но возможная версия — от арабского имени Нафи (без «й» на конце), которое в русской записи могло получить окончание -ей из-за особенностей произношения или письменной фиксации. Тогда фамилия означала бы «потомок Нафи». Эта версия менее правдоподобна, так как в русских документах XVI–XIX веков тюркские имена часто записывали с конечным «-ей» (например, Мамлей, Ахметей), и Нафей — типичная для того времени форма.

Фамилия Нафеева — редкая. В отличие от массовых фамилий на -ов, она не встречается в центральных областях России и не связана с каким-либо известным ремеслом или сословием. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были крестьянами или служилыми людьми из татарских мурз, которые обрусели в XVII–XVIII веках. Сравните с однокоренными фамилиями Нафиков, Нафиев — они тоже редки и имеют ту же тюрко-арабскую основу. Если искать аналогию в русской среде, то Нафеев стоит в одном ряду с фамилиями вроде Ахметов, Насыров, где тюркское имя становится базой для русского фамильного суффикса.