Фамилия Нафиева — женская форма фамилии Нафиев. Её основа, судя по всему, восходит к арабскому имени Нафи (или Нафи‘), что означает «полезный», «приносящий пользу». В исламской традиции это имя известно: так звали, например, одного из сподвижников пророка Мухаммеда — Нафи‘ ибн аль-Харис. В тюркоязычной среде (татары, башкиры, народы Кавказа) имя Нафи попало через ислам, и от него по обычной восточнославянской модели образовали фамилию: к основе Нафи- добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Получается: «сын Нафи» — Нафиев, его дочь или жена — Нафиева.

Реже фамилию могут связывать с тюркским словом «нафи» (с тем же значением «польза»), но имя как источник всё же вероятнее: в ономастике фамилии от личных имён встречаются чаще, чем от абстрактных понятий.

Географически фамилия Нафиева распространена в Татарстане, Башкортостане, а также среди азербайджанцев и дагестанских народов (лезгины, аварцы). Встречается и у крымских татар. Модель образования — «русский суффикс + арабская основа» — типична для фамилий народов, принявших ислам в составе Российской империи. Никаких свидетельств о дворянском происхождении или принадлежности к высшим сословиям у этой фамилии нет: скорее всего, предки носителя — крестьяне или ремесленники, получившие фамилию по имени отца после переписей XIX века.