Фамилия Нафраница — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, и это даёт ключ к её происхождению. Основа здесь — глагол «нафрани́ть» или существительное «нафранец». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «нафранить» означало нарядить, вырядить, одеть слишком пышно или нелепо, иногда с оттенком насмешки. Соответственно, «нафранец» — это франт, щёголь, человек, который слишком следит за одеждой или одевается не по статусу. Суффикс -ица в фамилии, скорее всего, указывает на жену или дочь такого человека: Нафраница — буквально «жена (или дочь) нафранца». Модель образования типична для прозвищных фамилий, которые закрепились через женскую линию, когда в документах писали «Марья, Нафраница вдова» или «Анна, Нафраница дочь».

Однако есть и вторая, более прозаичная версия. В некоторых западных и южных говорах «нафранить» могло означать «натереть», «надраить» (от «франить» — тереть, чистить до блеска). В таком случае прозвище Нафранец давали не щёголю, а чистюле, человеку, который любил наводить порядок и блеск в доме или при хозяйственных работах. Фамилия Нафраница тогда — та же «жена чистюли». Обе версии не противоречат друг другу: в основе лежит бытовое прозвище, данное по характерной черте поведения или внешности.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу и северу России. Встречается в архангельских и вологодских переписях, реже — в псковских. Это неудивительно: именно в этих регионах сохранился пласт диалектной лексики с корнем «фран-» (от польского «frant» — щёголь, пройдоха), который в русском языке приобрёл ироничный или осуждающий оттенок. Фамилия Нафраница — одна из немногих, где этот корень закрепился в женской форме, что делает её особенно интересной для историков быта и ономастики. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвище давали «на глаз» — за излишнюю, по мнению соседей, любовь к нарядам или к чистоте.