Фамилия Нафранович, скорее всего, образована от достаточно редкого еврейского прозвища Нафран. Это не типичная для восточноевропейских евреев фамилия, и её основа не имеет очевидного ашкеназского корня, что сразу выделяет её из ряда таких фамилий, как Вейценбаум («пшеничное дерево») или Левенфиш («рыба-лев»), которые были понятны современникам без перевода. Здесь же мы имеем дело с более древним и загадочным пластом.

По одной из версий, прозвище Нафран связано с географическим названием Нафра (или Неферт) — озером в Египте, упоминаемым в «Книге мертвых». Эта гипотеза уводит нас вглубь веков, к библейским и доисторическим временам, но лингвистически она уязвима: слишком велик разрыв между древнеегипетским топонимом и прозвищем, которое давали человеку в Польше или Беларуси пару столетий назад.

Более правдоподобной выглядит версия, связывающая прозвище с арабским словом «нафр» (буквально — «бег»). Так называлась церемония исхода паломников после вукуфа в Арафате. Она имела место 9 зу-л-хиджжа после заката солнца, когда паломники мимо двух столбов, ограничивавших территорию Арафата со стороны долины Урана, устремлялись на запад, в долину Муздалифе, тоже являвшуюся священной территорией; она считалась местом, где Адам приблизился к Еве накануне узнавания. Возможно, Нафраном назвали человека, совершившего нафр, или ребенка, родившегося во время этого ритуала. В таком случае прозвище отражало не внешность или ремесло, а знаковое событие в жизни семьи, связанное с паломничеством или религиозным календарем.

Суффикс -ович указывает на то, что фамилия Нафранович появилась в среде белорусских или польских евреев. В этой традиции отчество или прозвище отца превращалось в наследственную фамилию именно через такие патронимические суффиксы. Если бы фамилия возникла у русских или украинцев, мы бы скорее увидели форму Нафранов, но именно -ович выдает западнославянское или балтийское влияние, характерное для черты оседлости. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её позднем закреплении и, вероятно, единичном родовом гнезде, из которого она распространилась.