Фамилия Нафтулишин — редкий пример украинской фамилии, образованной от личного имени с помощью сложного суффиксального комплекса. В её основе лежит каноническое мужское имя Афанасий (в просторечии часто звучало как Нафтул, Нафтула), которое через уменьшительную форму Нафтуля дало прозвище Нафтулиш — «тот, кто относится к Нафтуле» или «сын Нафтули». Суффикс -ишин (вариант -иш(ин), где -ин — притяжательный суффикс, а -иш- — усилительный или пренебрежительный оттенок) характерен для западных регионов Украины, особенно для Галичины, Буковины и Закарпатья. Такая модель образования фамилий (от имени отца с суффиксом -ишин, -ич, -ук, -юк) была распространена среди крестьян и мещан, которые не имели наследственных фамилий до XIX века.

Слово «Нафтулишин» буквально означало «потомок того, кого звали Нафтулиш» или «сын Нафтули». Само имя Нафтул — это народная переработка греческого Athanasios («бессмертный»), которая в украинских говорах дала множество вариантов: Опанас, Панас, Нафтул, Нахтул. Встречаются однокоренные фамилии: Нафтула, Нафтулович, Нафтульский, но Нафтулишин — самая редкая, с ярко выраженной региональной привязкой. По данным современных переписей, носители фамилии в основном проживают во Львовской, Ивано-Франковской и Тернопольской областях, что подтверждает её западноукраинское происхождение.

География бытования фамилии сужает круг возможных предков: это были, скорее всего, крестьяне или ремесленники из сёл Галиции, которые получили фамилию при австрийской административной реформе конца XVIII — начала XIX века. Тогда многим украинцам записывали фамилии по отцу или по прозвищу, и форма на -ишин стала одной из самых типичных для этого региона. Спорных версий практически нет: корень прозрачен, суффикс однозначно указывает на западноукраинскую традицию, а попытки связать фамилию с румынским или еврейским влиянием (например, с именем Нафтула у евреев-ашкеназов) маловероятны — в румынском языке суффикс -ишин не встречается, а у еврейских фамилий преобладает модель Нафтулевич или Нафтульсон.

Таким образом, Нафтулишин — это «сын Нафтули», потомок человека, которого в быту звали уменьшительным именем от Афанасия. Фамилия недвусмысленно говорит о месте и времени своего появления: запад Украины, конец XVIII — XIX век, крестьянская среда.