Фамилия Нафтулин — редкий случай, когда основа не славянская, а суффикс — типично русский, причем не самый распространенный. Корень здесь — «нафтул», и он указывает на еврейские корни носителя. В основе лежит мужское личное имя Нафтул (варианты — Нафтали, Нефтали), которое восходит к библейскому Неффалиму — шестому сыну Иакова. Имя это в переводе с древнееврейского означает «борьба» или «схватка», но в быту стало просто личным именем.

Суффикс «-ин» в фамилии Нафтулин работает по той же модели, что и в фамилиях Пушкин, Ильин или Галкин: он указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Нафтула» или «из семьи Нафтула». Такие фамилии на «-ин» от основ на согласный или «-а» в русском языке образуются естественно, и для еврейских имен, вошедших в обиход в черте оседлости, это было обычным способом русификации. То есть фамилия возникла не в древнерусской среде, а в XIX — начале XX века, когда еврейское население Российской империи получало фамилии по указу 1804 года или в ходе более поздних переписей.

Географически фамилия Нафтулин тяготеет к западным губерниям — территориям современной Украины, Белоруссии, Молдовы, а также к югу России. Встречается она нечасто, и это позволяет предположить, что её носители происходят из относительно небольшого числа родов, а не из массового фамильного потока. В отличие от фамилий на «-ович» или «-ский», которые могли давать по месту жительства или профессии, «-ин» здесь чётко фиксирует патроним — отчество, ставшее фамилией.

Интересная деталь: в польском и украинском языках это же имя могло дать фамилию Нафтулович или Нафтуленко, но форма Нафтулин — именно русская, по модели, характерной для центральных и северных регионов. Это говорит о том, что предок носителя, скорее всего, жил в среде, где русский язык был административным и бытовым, либо фамилию записывал русский чиновник. В любом случае, Нафтулин — это не прозвище по ремеслу и не топоним, а прямой след имени, которое в семье передавалось из поколения в поколение.