Фамилия Нафитулина — яркий образец арабо-мусульманского пласта в русском ономастиконе. Её основа — мужское имя Нафитулла (или Нафетулла), которое состоит из двух частей: арабского «нафи» (полезный, благодетельный) и «улла» (Аллах). В буквальном переводе имя означает «польза Аллаха», «благодать Божья» или «тот, кто приносит пользу, данную Богом». Это теофорное имя — то есть имя, прославляющее Бога через его качества.

Женская форма фамилии — Нафитулина — говорит о том, что её носительница — женщина. Мужской вариант, соответственно, Нафитулин. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который в тюркских и мусульманских фамилиях присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный или гласный, и указывает на принадлежность: «чей?» — Нафитулин, то есть потомок Нафитуллы. Такая модель широко распространена среди татар, башкир и других народов Поволжья и Урала, принявших ислам.

Географически фамилия Нафитулина (и Нафитулин) наиболее типична для Татарстана, Башкортостана, а также для Оренбургской, Челябинской и Ульяновской областей — регионов с компактным проживанием татар и башкир. Встречается она и в среде казанских татар, и у мишарей. Менее вероятно, но возможно, что фамилия закрепилась у представителей других тюркских народов, например, у казахов или узбеков, но в русской записи.

В написании фамилии есть вариативность. Встречаются формы Нафетулин, Нафитуллин, Нафтуллин. Двойное «л» в середине (Нафитуллин) — результат арабской графики, где имя пишется с удвоенной «л» (Аллах). В русском языке это удвоение часто редуцируется до одной буквы, особенно в бытовой и паспортной записи. Форма с одной «л» (Нафитулин) — более русифицированный вариант, но оба имеют единое происхождение и значение. Так что носители фамилии Нафитулина могут столкнуться с разным написанием у родственников, и это нормально для фамилий из этого корня.