Фамилия Нафисуллина — женская форма фамилии Нафисуллин, которая типична для татарской и башкирской ономастики и встречается также у других народов Поволжья и Приуралья, исповедующих ислам. Её основа — арабское мужское имя Нафисулла, что переводится как «изящество (или драгоценность) Аллаха». Имя составное: «нафис» (тонкий, изящный, ценный) и «улла» (Аллах). Такие имена-комплименты Всевышнему — распространённая модель в мусульманской традиции (ср. Абдулла — «раб Аллаха», Саидулла — «счастливый у Аллаха»).

Суффикс -ин (в мужской форме — -ин, в женской — -ина) указывает на принадлежность. Первоначально фамилия означала «дочь (или жена) Нафисуллы». В русской среде этот патронимический суффикс закрепился в XIX–XX веках, когда у татар и башкир начали массово оформляться фамилии по русскому образцу. Интересно, что в самой татарской среде фамилии на -ин нередко заменяли более архаичные окончания на -ов/-ев, особенно если основа имени заканчивалась на гласный или мягкий согласный.

Географически фамилия Нафисуллина распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской, Челябинской и Самарской областях — регионах, где исторически жили казанские татары и мишари. Встречаются и варианты написания: Нафисуллин (мужская), Нафисуллина (женская), реже — Нафисулов, что говорит о разной степени адаптации к русской грамматике.

Социальный контекст: носители фамилии — в основном потомки крестьян или ремесленников, поскольку имя Нафисулла не было исключительно аристократическим. В дореволюционных метрических книгах и переписях её обладатели числились среди тептярей, башкир-вотчинников или государственных крестьян. После революции фамилия не изменилась — в отличие от некоторых «красивых» арабских имён, которые в 1920–30-е годы иногда заменяли на советские псевдонимы.

Редкая деталь: ударение в фамилии обычно падает на третий слог — Нафису́ллина, хотя в некоторых говорах (особенно у мишарей) можно услышать ударение на второй слог: Нафи́суллина. Это связано с диалектным произношением самого имени.