Фамилия Нагинайло — яркий пример южнорусского и украинского типа фамилий, образованных от повелительного наклонения глагола и дополнения. Её основа — конструкция «нагинай ло», где «нагинай» — форма глагола «нагинать» (гнуть, сгибать), а «ло» — сокращение от слова «лошадь». Получается прозвище конного объездчика или человека, который занимался выездкой лошадей: буквально «гни лошадь», то есть заставляй её сгибаться, подчиняться, выполнять команду. Такие прозвища давали обычно крепким, волевым людям, работавшим с упряжными или верховыми животными.

Модель с глаголом в императиве и существительным (типа Убейкобыла, Держиморда, Непийпиво) особенно характерна для украинской ономастики XVI–XVII веков. В русских землях она встречается реже, чаще на южных окраинах, где было сильное влияние малороссийских говоров. Фамилия Нагинайло — одна из таких, её ареал бытования в основном охватывает Украину, Беларусь, а также южные области России (Курская, Воронежская, Ростовская области). Встречаются варианты написания: Нагинайло, Ногинайло, Нагинайла — последний ближе к белорусской фонетике.

Словообразовательный суффикс -о в конце не является типичным русским фамильным окончанием (вроде -ов или -ин). Он указывает на то, что фамилия застыла в форме прозвища, не подвергшись притяжательной обработке. Это характерный признак так называемых «украинских фамилий на -о» (Ковальчук, Пилипенко, Шинкаренко), но в данном случае основа не патронимическая, а глагольная, что делает её редкой даже на фоне соседних фамилий.

В ономастических словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не упоминается в основных списках, что говорит о её сравнительной редкости. Однако она встречается в метрических книгах XIX века по Харьковской и Полтавской губерниям. Сословно носители фамилии относились к крестьянам и казакам — ремесло объездчика лошадей было востребовано в сёлах и на ярмарках. Таким образом, предки современного Нагинайло с высокой вероятностью были коневодами, табунщиками или просто людьми с крепкой рукой, умевшими обуздать норовистое животное.