Фамилия Нагнеева — женская форма, образованная от мужской Нагнеев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Нагней, а само слово выглядит редким и неочевидным с первого взгляда. Чтобы понять его происхождение, стоит отвлечься от современного звучания и посмотреть на диалектную лексику.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с глаголом «гнить» и приставкой «на-». В северных и сибирских говорах «нагнить» означало «подгнить, начать гнить с поверхности». «Нагней» — человек, получивший такое прозвище по внешнему признаку или по роду занятий. Например, так могли назвать рыбака, у которого подпортился улов, или крестьянина, хранившего зерно в сыром амбаре. Прозвища, образованные от глаголов с приставками, типичны для русской антропонимии: сравните фамилии Загнибеда, Гнилорыбов, Подгнивший.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «нагнёт» — гнёт, груз, который кладут сверху. В этом случае Нагней мог быть прозвищем человека сильного, «нагнетающего», или того, кто работал с тяжестями. Однако фонетический переход от «нагнёт» к «нагней» неочевиден, поэтому первая версия убедительнее.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Нагнеев — сын Нагнея. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. По географии встречается спорадически, преимущественно в центральных и северных областях России, но без ярко выраженного гнезда — это говорит о том, что прозвище было локальным и не дало массового распространения.

В написании фамилии возможна путаница с «Нагнеева» через «а» (Нагаева) — это разные фамилии, вторая восходит к тюркскому имени Нагай. Нагнеева же — чисто русская по модели, с прозрачной, хоть и некрасивой, внутренней формой: от «нагнить».