Фамилия Нагнеев — редкий случай, когда исходное слово почти исчезло из живого языка, но оставило след в прозвище. В её основе лежит древнерусское «нагной» или диалектное «нагнет» — так в северных и сибирских говорах называли гнойник, нарыв, воспалённую опухоль. Прозвище Нагней могли дать человеку, у которого был заметный рубец или фурункул на лице, либо тому, кто лечил такие болезни (знахарю, костоправу). Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с глаголом «нагнуть» — в значении «согнуть, придавить». Тогда прозвище могло относиться к сутулому человеку, но для такой модели естественнее была бы форма Нагнуев.

Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: Нагнеев — сын Нагнея. Поскольку основа оканчивается на -ей, а не на твёрдый согласный, фамилия получила именно этот суффикс, а не -ов. В дореволюционных метрических книгах встречаются варианты Нагнеев и Нагне́в (с ударением на последний слог) — это следы местных говоров, где конечный гласный редуцировался.

Фамилия крайне редкая. По данным переписей XIX века, её носители фиксировались преимущественно в Вятской и Пермской губерниях — регионах, где диалектное слово «нагной» было в ходу. В Списке фамилий Российской империи за 1897 год Нагнеевых насчитывалось не более нескольких десятков человек. Это значит, что фамилия почти наверняка ведёт начало от одного родоначальника, а не возникла параллельно в разных местах.

Интересно, что фамилия избежала «облагораживания» — переделки в более благозвучный вариант. В то время как многие прозвища с «неприятной» семантикой (например, Гнилов, Смердов) искусственно меняли, Нагнеев сохранил исходную форму. Возможно, потому, что была слишком редкой и локальной, чтобы попасть в поле зрения чиновников, или же сами носители не видели в ней ничего обидного — в крестьянской среде телесные недостатки называли прямо, без эвфемизмов.

Сегодня фамилия продолжает оставаться малочисленной. Её можно встретить в центральной России и на Урале, но в каждом регионе — буквально единицы. Для этимолога Нагнеев — ценный пример того, как диалектное слово, вышедшее из употребления, сохранилось в фамилии как лингвистическая окаменелость.