Фамилия Нагноенко звучит необычно и даже немного тревожно, но её значение гораздо прозаичнее, чем кажется. Это типичная украинская фамилия, образованная по распространённой модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» и закрепился в восточной части Украины. Основа здесь — прозвище Нагной или Нагнойный, которое, скорее всего, не имело отношения к гниению, а указывало на место жительства.

В украинских говорах слово «нагній» или «нагной» могло означать «навоз», «перегной» или «болотистая, илистая почва». Человек по прозвищу Нагной, вероятно, жил у болота, на сырой земле, либо занимался земледелием на чернозёме. В русских и украинских диалектах есть и другое значение: «нагной» — это «нарыв» или «гнойник», но такое прозвище давали редко, обычно по внешней примете. Версия с болотистой местностью выглядит правдоподобнее: в ономастике много фамилий от названий почв (Глиняный, Песков, Болотников).

Модель образования проста: прозвище Нагной (или Нагнойный) → Нагной-енко («сын Нагноя»). Фамилия характерна для центральных и восточных областей Украины, особенно для Полтавщины и Черкасщины, где суффикс -енко встречается у 60% населения. В России фамилия редкая, встречается в южных регионах, куда переселялись украинцы.

Сравните с однокоренными фамилиями: Нагнойный (прямое прозвище), Нагноев (русифицированная форма), Нагнибеда (сложная фамилия от «нагни беду»). Нагноенко стоит в этом ряду как типичный пример украинской патронимической фамилии, за которой стоит не болезнь, а крестьянский быт и особенности ландшафта.