Фамилия Нагнойная звучит необычно и даже резко, но за ней стоит прозрачная и конкретная история. В отличие от большинства русских фамилий, которые образовались от крестильных имён или названий профессий, эта фамилия происходит от прямого прозвища, данного по внешнему виду или состоянию человека. Основа здесь — глагол «гноить» и существительное «гной». Прозвище Нагнойный могли дать человеку с незаживающей раной, хронической язвой или другим кожным недугом, который бросался в глаза. В крестьянской среде, где медицинская помощь была редкостью, такие внешние признаки становились устойчивой характеристикой и закреплялись за человеком и его семьёй.

Словообразовательная модель типична для южнорусских и украинских земель. Суффикс -н- в основе указывает на прилагательное, а окончание -ая — на женский род. Это не случайность: фамилия Нагнойная стоит в женской форме, что характерно для фамилий, которые закрепились в документах именно за женщиной (вдовой, дочерью) или были записаны в церковной книге со слов односельчан в женском роде. Мужской вариант — Нагнойный — встречается реже, но логически возможен. В русской ономастике такие «женские» фамилии нередко фиксировались в южных губерниях, где при переписях могли записывать семью по прозвищу матери или хозяйки дома.

Географически фамилия тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям и соседним регионам Украины. Это зона, где активно бытовали прозвищные фамилии на -ой/-ый, часто с негативной или бытовой окраской. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово образовывались от имён, Нагнойная сохранила прямую связь с диалектной речью. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели описываются как «прозвища по физическому недостатку» — они редки, но показательны для понимания деревенского быта XIX века.

Спорных версий здесь почти нет. Корень настолько ясен, что альтернативные толкования (например, связь с названием растения «нагнойник» или с процессом гниения в хозяйстве) выглядят натяжкой. Фамилия не имеет отношения к дворянству или духовенству — это стопроцентно крестьянская фамилия, возникшая в среде, где человека называли по тому, что видели. Единственная лингвистическая тонкость: ударение, скорее всего, падало на второй слог — НагнОйная, что подчёркивает глагольную основу, а не существительное «нагной» (которого в русском языке нет).