Фамилия Нагнойный — редкий случай, когда основа прозвища почти кричит о себе, но точное значение ускользает. В ней сразу слышится корень «гной», что отсылает к чему-то болезненному, воспалённому. Однако было бы ошибкой думать, что предка так назвали за неопрятность или склонность к нарывам. Скорее всего, прозвище Нагнойный имело переносный, бытовой смысл.

Самый вероятный вариант — профессиональное прозвище. В русских говорах «нагной» или «нагнойник» могли называть место, где скапливается перегной, навоз, или человека, который с этим работает — например, крестьянина, занятого удобрением полей. В земледельческой среде «нагноить» значило «унавозить землю». Тогда Нагнойный — это тот, кто возится с навозом, то есть навозчик или огородник. Прозвище было не оскорбительным, а сугубо рабочим, как Кожемяка или Плотник.

Другая, менее приятная версия — прозвище могли дать лекарю или знахарю, который лечил гнойные раны, нарывы, «нагноения». В народной медицине такие люди были на виду, и их называли по роду деятельности — Гнойник, Нагнойный. Эта версия слабее, потому что в ономастике чаще встречаются прозвища по постоянному занятию, а не по временному состоянию здоровья.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -н- и окончанием -ый, что характерно для полных прилагательных. В русской антропонимии такие фамилии (Толстый, Кислый, Грязный) обычно закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, реже — за духовенством. Нагнойный — не исключение, это фамилия из крестьянской или мещанской среды.

География фамилии узкая. Встречается она преимущественно в южнорусских областях — на Украине, в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях, где говоры сохранили слово «нагной» в значении «навоз». В центральных и северных регионах фамилия почти не фиксируется, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метрических книгах можно встретить Нагнойной (с окончанием -ой по старой орфографии) или даже Нагнойный с ударением на второй слог. Современная норма — ударение на «о»: Нагнóйный.