Фамилия Нагван стоит особняком в русском ономастиконе: её строение не укладывается в привычные славянские модели на -ов, -ин или -ский. Основа «Нагван-» не имеет очевидных параллелей в древнерусских прозвищах или крестильных именах. Скорее всего, это фамилия позднего происхождения, занесённая в русскую среду извне, либо искусственная, книжная.

Наиболее вероятная версия связывает Нагван с грузинским именем Нагван (ნაღვან), которое восходит к слову «нагви» — «горе», «печаль». В таком случае фамилия означает «печальный», «скорбный» и могла быть дана как охранительное имя, чтобы отвести от ребёнка злые силы. Подобная практика — называть детей «несчастливыми» именами — известна у многих народов Кавказа: считалось, что горе обойдёт такого человека стороной.

Менее убедительна гипотеза о тюркском происхождении. В некоторых тюркских языках есть основа «наг» — «чистый», «голый», но суффикс «-ван» для русских фамилий нехарактерен, а в тюркских он обычно указывает на деятеля (как в «бахшиван»). Прямых доказательств такой этимологии нет.

Держатель фамилии Нагван мог быть выходцем с Кавказа, скорее из Грузии, который обрусел в XIX–XX веках. В метрических книгах и ревизских сказках центральной России эта фамилия почти не встречается, что подтверждает её инородное происхождение. В советское время фамилия могла закрепиться за потомками грузинских переселенцев или беженцев.

С точки зрения морфологии, фамилия Нагван — «застывшая» основа без патронимического суффикса. В русской традиции такие фамилии (например, Гоголь, Сковорода) обычно склоняются как существительные мужского рода, если принадлежат мужчине, и не склоняются, если женщине.