Фамилия Наида — редкий случай, когда корень слова не славянский, а тюркский или арабский. Скорее всего, в основе лежит женское имя Наида. В арабском языке оно означает «возвышенная», «благородная», а в тюркских языках, например в татарском или башкирском, Наида — одно из распространённых женских имён, заимствованное из исламской традиции. Фамилию могли дать по имени матери, если она была уважаемой в селе или роду, либо по имени жены, если муж брал фамилию от её имени (такое встречалось у некоторых народов Поволжья и Кавказа).

Модель образования простая: к основе Наид- добавили окончание -а, которое в русском языке закрепило фамилию в женском роде. У мужчин фамилия звучала бы как Наидов или Наидин, но форма Наида встречается как неизменяемая у ряда народов, где фамилии не склоняются по падежам (например, у осетин, чеченцев, ингушей). Поэтому носитель фамилии может быть и мужчиной, и женщиной — это зависит от традиции в конкретной семье.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Закавказью, а также к Татарстану и Башкортостану. Встречается она нечасто, и в центральных русских областях почти не попадается. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были мусульманами и жили в регионах с сильным влиянием ислама.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Найда — так в некоторых говорах называли найдёныша, подкидыша. Но тогда форма была бы Найдин или Найдов, а не Наида. Арабское происхождение выглядит убедительнее, потому что имя Наида широко известно, а прозвище Найда — локальное и редкое.

В итоге: фамилия Наида — это память о женщине, которую звали Наида, и, скорее всего, о её высоком положении в общине. Носители такой фамилии могут проследить свои корни до народов, где женские имена становились родовыми.