Фамилия Наимбоев — редкий случай в русском именослове, где восточное имя-основа сочетается с русским патронимическим суффиксом. Её разбор сразу даёт ключ к происхождению: корень «Наим» или «Наимбой», за которым следует типичный для русских фамилий суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — Наимбоев). Это говорит о том, что фамилию получили в русской среде или при оформлении документов на русском языке, когда к имени отца или предка добавили стандартное окончание.

Основа «Наимбой» — составное имя тюркского или персидского происхождения. «Наим» (от арабского Наим — «благоденствие», «блаженство») — распространённый компонент мусульманских имён. «Бой» (в тюркских языках «бек», «бай») — титул, означающий «господин», «вождь», «богатый и знатный человек». Таким образом, имя Наимбой можно перевести как «благоденствующий господин» или «счастливый предводитель». Фамилия, скорее всего, образована от этого имени, которое носил основатель рода, возможно, выходец из Средней Азии (Узбекистан, Таджикистан) или Поволжья.

В русском контексте фамилии на «-ев» от восточных имён — обычная практика для XIX–XX веков, когда крестьяне, ремесленники или торговцы из национальных окраин получали паспорта и записывались по отцу. Суффикс «-ев» (а не «-ов») здесь закономерен: он присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». В данном случае «бой» даёт мягкий звук, отсюда «Наимбоев», а не «Наимбоов».

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием узбеков и таджиков, а также к русским городам, куда мигрировало население из этих республик. Встречается она крайне редко — это не массовая фамилия, а локальная, что делает её носителей потенциально связанными общим предком. Сословно предки Наимбоевых могли быть как из знатных родов (если имя «бой» отражало реальный статус), так и из крестьян или ремесленников, ведь имя могло даваться как пожелание, а не по факту богатства. Точных данных о сословии нет, но модель образования типична для поздних фамилий простого народа, а не для аристократии, которая чаще сохраняла родовые имена без русификации.