Фамилия Нахшикян — армянская по происхождению, что выдают характерные суффиксы и корень. Основа «Нахшик» восходит к армянскому слову «нахш» (арм. նախշ — «узор», «орнамент», «вышивка»). Суффикс «-ик» в армянском языке уменьшительно-ласкательный или указывает на принадлежность к чему-либо: «Нахшик» — «узорчик», «узорчатый», либо прозвище мастера по узорам. Окончание «-ян» — типичный армянский патронимический суффикс, означающий «из рода» или «сын» (аналог русских -ов/-ев). Таким образом, Нахшикян — «из рода Нахшика» или «потомок того, кого прозвали Узором».

Вероятнее всего, прозвище Нахшик дали ремесленнику, который занимался декоративным искусством: резчик по камню или дереву, вышивальщик, ковровщик, ювелир, расписывавший керамику. В армянской традиции мастера-узорщики (нахшбенды) ценились высоко, особенно в средневековой миниатюре и архитектуре. Фамилия могла закрепиться за цехом или династией ремесленников в одном из городов исторической Армении — Ване, Эрзруме или Новой Джульфе.

В отличие от многих армянских фамилий на -ян, которые образованы от личных имён (например, Петросян — от Петрос), Нахшикян — редкий случай, когда в основе лежит название профессии или ремесла, а не имя предка. Это сближает её с фамилиями типа Овсепян (ювелир) или Дарбинян (кузнец), но подчёркивает более узкую специализацию — именно художественную отделку.

Географически фамилия встречается в основном у армян, чьи семьи происходят из Западной Армении (территория современной Турции) или из армянской диаспоры Ирана и Ливана. В России и странах постсоветского пространства она редка, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носитель этой фамилии, ваши предки почти наверняка были ремесленниками-узорщиками, а не крестьянами или торговцами.