Фамилия Наколюжный звучит необычно, и её разбор стоит начать с суффикса. Форма на \-ный (а не на \-ов или \-ин) указывает на относительно позднее происхождение — скорее всего, из южнорусских или украинских земель, где такие прилагательные в фамилиях встречаются чаще. В украинской ономастике суффикс \-ний нередко закреплял прозвище, описывающее человека по характерному признаку.

Основа «наколюж-» явно связана со словом «колюга» или «колюжка» — так в диалектах называли колючку, шип, репейник. Вероятнее всего, прозвище Наколюжный дали человеку колючему, неуживчивому или, наоборот, заросшему, неопрятному, похожему на репей. Менее вероятна, но допустима версия, что прозвище возникло от глагола «наколоть» — например, в значении «наткнуться на что-то острое», но тогда форма была бы другой, скорее Наколотый.

Встречается фамилия в основном на западе и юге России, особенно в Белгородской и Воронежской областях, а также на востоке Украины. Там же бытуют однокоренные фамилии — Колюжный, Наколюжников, Колюжняк. Все они, скорее всего, из одной гнездовой группы, образованной от одного корня.

Сословная принадлежность типична для крестьянской среды. Наколюжные — это не дворяне, не духовенство, а люди, получившие фамилию по уличному прозвищу, которое закрепилось в документах после отмены крепостного права. В метрических книгах XIX века фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный и поздний характер.

Единственная спорная деталь: не исключено, что в основе лежит не «колюга», а диалектное «колюжина» — яма, рытвина, но тогда фамилия Наколюжный означала бы «живущий у ямы» или «на яме». Однако для такой версии нет надёжных параллелей, и большинство ономастов склоняются к «колючему» значению.