Фамилия Накорнеева — женская форма фамилии Накорнеев, а та, в свою очередь, образована от прозвища Накорень. В основе лежит вполне прозрачный корень «корень», но с приставкой «на-». Смысл прозвища неочевиден на первый взгляд: вряд ли речь идёт о каком-то ботаническом или гастрономическом увлечении предка.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «накоренить» или «накоренеть». В русских говорах (особенно северных и сибирских) это слово означало «осесть прочно, пустить корни, обжиться на одном месте» или «укорениться, стать своим». Человек, которого прозвали Накорень, мог быть пришлым, который крепко обосновался на новом месте, прижился в чужой общине и стал «своим». Прозвище давали не от плохого, а с оттенком признания: «пустил корни, не уйдёт».

Менее вероятна, но тоже возможна связь с прозвищем по профессии. В некоторых регионах «корень» называли человека, который занимался заготовкой кореньев для лекарств или красителей, а приставка «на-» могла указывать на его специализацию (например, «тот, кто на кореньях»). Однако эта версия слабее — обычно прозвища такого типа образовывались напрямую (Корень, Коренев), а форма с приставкой характерна именно для характеристики человека.

Модель образования фамилии — патронимическая: Накорнеев — сын Накорня. Суффикс -ев- типичен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный (в данном случае на -нь). Фамилия довольно редкая, встречается преимущественно в центральных и южнорусских областях, что косвенно подтверждает версию о переселенческом прозвище: предки Накорнеевых могли быть выходцами из северных губерний, осевшими в черноземье.

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в основном в крестьянской и мещанской среде — никакого дворянского или духовного происхождения у неё нет. Это ещё один аргумент в пользу бытового, а не книжного происхождения прозвища.