Фамилия Накота — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если не знать контекста, её легко принять за исконно русскую, но это ошибка: корень здесь не славянский, а тюркский или монгольский, а сама фамилия, скорее всего, пришла в русскую среду через украинское или южнорусское казачество.

В основе фамилии лежит тюркское слово «накот» или «накыта» — в разных диалектах оно означало «плеть», «нагайка» или «кнут». Прозвище Накот давали человеку резкому, властному или тому, кто умел управляться с лошадьми и скотом. В степных и казачьих областях такое прозвище было понятным и ёмким. Позже, при оформлении фамилий, к основе добавился суффикс -а, типичный для украинских и польских фамилий (сравните: Кот, Кота; Лис, Лиса). Таким образом, Накота — это фамилия, образованная от прозвища через форму родительного падежа: «сын Накота» или «из рода Накота».

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Встречается в Запорожской, Херсонской, Днепропетровской областях, а также в Краснодарском крае и Ростовской области. Это совпадает с зоной расселения запорожских и донских казаков, которые активно заимствовали бытовую лексику у ногайцев, крымских татар и калмыков. В центральных и северных русских губерниях фамилия почти не фиксируется.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от имени Накота как уменьшительной формы крестильного имени Евникий (греч. «благая победа») или Иннокентий. Однако такая гипотеза не подтверждается ни частотностью, ни географией — в святцах и старых переписных книгах подобное сокращение не встречается. Гораздо логичнее держаться «степного» следа.

Фамилия Накота — не аристократическая и не крестьянская в привычном понимании. Её носители, вероятнее всего, были вольными людьми, жившими на границе леса и степи: казаками, мещанами, однодворцами. По сути, это фамилия-характеристика, которая закрепилась за человеком с крутым нравом или за мастером, чья плеть была известна на всю округу.