Фамилия Наквацкий — пример, где география и суффикс говорят о происхождении больше, чем сама основа. Это типичная фамилия польского или западнорусского образца на -ский, которая указывает на связь с местом. Вероятнее всего, её носитель — потомок человека, владевшего землёй или жившего в населённом пункте с корнем «Наква-». Такие топонимы встречаются в Польше, например, село Наква (Nakwa) в Малопольском воеводстве или Наквась (Nakwaś) в Силезии. Суффикс -цк- (в варианте -ский) в польской традиции часто прикрепляли к названиям деревень, образуя шляхетские фамилии по имению.

Основа «Наква-» может восходить к древнепольскому или древнерусскому слову «наква» — так называли закваску для теста, реже — бродягу или человека, который «квасит» (медлит). Однако версия с ремеслом менее убедительна: суффикс -ский в сочетании с названием профессии — редкость, в основном так образовывали фамилии от географических названий. Поэтому более правдоподобно, что предок Наквацкого был мелким землевладельцем из окрестностей Наквы, а его фамилия закрепилась по принципу «из Наквы — Наквацкий».

Словообразовательная модель проста: корень «Накв-», суффикс принадлежности -цк-, окончание -ий. В польском языке фамилия звучала бы как Nakwacki, с ударением на второй слог. В русской среде ударение могло сместиться на последний слог, как это часто бывает с фамилиями польского происхождения. Встречается также вариант написания Наквацкий с одной «к», но это скорее орфографическая ошибка, чем историческая норма.

В социальном плане фамилия Наквацкий не относится к крестьянским или мещанским по происхождению — форма на -ский в Речи Посполитой была маркером шляхетского или, как минимум, зажиточного сословия. Однако после разделов Польши многие носители такой фамилии оказались в черте оседлости Российской империи, и фамилия потеряла сословную окраску. Сейчас Наквацкие встречаются в основном в западных областях Украины, Беларуси и в Польше, что подтверждает привязку к историческому ареалу.