Фамилия Навацкий — типичный пример фамилии, образованной через суффикс -цк-/-ск-, который в восточнославянской традиции чаще всего указывает на происхождение от географического названия. Основа здесь — Наваты (или Навацк), и логичнее всего предположить, что предок носителя этой фамилии был либо родом из села, местечка или усадьбы с таким именем, либо получил прозвище по месту жительства. Такие фамилии были особенно распространены среди польской и западнорусской шляхты, а также среди крестьян, переселявшихся в другие регионы: человека называли по тому, откуда он пришёл.

Географическая привязка здесь ключевая. На территории бывшей Речи Посполитой (современные Польша, Беларусь, Украина, Литва) существовало и существует несколько населённых пунктов с похожими названиями: Наваты, Навацк, Новаты. Возможно, основа восходит к польскому «nowy» или белорусскому «новы» — то есть «новый». В таком случае Навацкий — это вариант фамилии Новецкий или Новацкий, где корень слегка изменился под влиянием местного говора или особенностей записи в метриках. В польском языке фамилия Nowacki (Новацки) очень распространена, и Навацкий может быть её фонетическим вариантом, закрепившимся в русском или украинском произношении.

Словообразовательная модель проста: к топониму (названию места) прибавлялся суффикс -цк-/-ск- и окончание -ий. Это типичная модель для фамилий знатного или полузнатного происхождения, но со временем она стала массовой — её получали и крестьяне, и мещане, если они переселялись из одной деревни в другую. Поэтому носитель фамилии Навацкий мог быть потомком как мелкого шляхтича, владевшего хутором Наваты, так и крепостного, которого записали по месту прежнего жительства.

Спорных версий здесь немного, и все они сводятся к одному: могла ли фамилия произойти не от топонима, а от прозвища? Например, от слова «навадить» (приучить, соблазнить) или «навада» (помеха, препятствие) — но это маловероятно. Суффикс -цк- почти всегда привязан к географии, а не к личным качествам. Если бы прозвище звучало как Навада, фамилия скорее была бы Навадин или Навадов.

Встречаемость фамилии Навацкий в современных источниках невысокая, она редкая по сравнению с Новацким или Новецким. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из небольшого локального гнезда — одного-двух сёл или местечек, где и закрепилось такое написание. В России и Украине фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в западных губерниях, что подтверждает её польско-белорусские корни.