Фамилия Налойченко — пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках был характерен для Поднепровья, Слобожанщины и Запорожья. Этот суффикс указывал на происхождение: «сын такого-то» или «ученик», «помощник». Поэтому Налойченко — потомок человека по прозвищу Налой.

Корень фамилии — «налой». В церковной лексике налоем (или аналоем) называют высокий столик, на который кладут иконы, Евангелие или крест во время богослужения. Слово пришло из греческого через церковнославянский. Прозвище Налой могли дать пономарю, дьячку или псаломщику, который постоянно имел дело с этим предметом. В украинских селах налоем иногда называли и простой складной столик для чтения — так прозвище могло закрепиться за грамотным крестьянином, который читал Псалтырь по покойникам.

Встречается и бытовая версия, не связанная с церковью. В некоторых говорах «налой» — это «налойник», то есть нахлебник, приживальщик, человек, который живет за чужой счет. Однако эта трактовка менее вероятна: суффикс -енко чаще образовывал фамилии от именований по занятию, а не по отрицательным качествам.

Фамилия Налойченко редкая. Основной ареал — центральная и восточная Украина, особенно Черкасская и Полтавская области, откуда в XIX веке шла миграция на Кубань и Дон. Там фамилия тоже встречается, но единично. В России она почти не фиксируется — это указывает на то, что род не относился к дворянству или духовенству, а оставался в среде крестьян и казаков.

Другие фамилии того же корня — Налой, Налойкин, Налойко — встречаются еще реже. Налойченко стоит в ряду украинских фамилий, образованных от предметов церковного обихода: Аналойченко, Евангеличенко, Крестенко. Все они говорят о связи предка с приходом, но не обязательно о том, что он был священником — скорее о низшей церковной должности или о набожности, которая дала прозвище.