Фамилия Налунина — женская форма, мужской вариант — Налунин. Эта фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе, в данном случае «Налун-», добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Такой суффикс типичен для русских фамилий, произошедших от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я.

Главный вопрос — что скрывается в основе «Налун». Здесь возможны два основных пути. Первый и самый прямой: прозвище Налун могли дать человеку, родившемуся в новолуние или, наоборот, в полнолуние, либо тому, кто как-то был связан с луной — например, пастуху, работавшему по ночам, или просто любителю гулять при лунном свете. В русских говорах слово «лун» само по себе не употреблялось, но «луна» была понятна всем, и прозвища от неё встречаются (сравните фамилии Лунин, Лунаев).

Второй, менее очевидный вариант — связь с диалектным глаголом «налунить» или «налуниться», который в некоторых областях означал «наесться», «напиться», «набраться сил». В таком случае Налун — человек плотный, сытый, возможно, с характером «себе на уме». Этот корень редкий, но он объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения: прозвище было узколокальным.

Географически фамилия Налунина встречается крайне редко. Основные очаги — северные и центральные регионы России, в частности, Архангельская и Вологодская области, где сохранились диалектные слова и старые прозвищные традиции. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её происхождении от одного или нескольких родов, а не от массового прозвища.

Таким образом, предки современных Налуниных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северорусских земель, получившими прозвище по внешнему признаку или поведению. Фамилия не имеет отношения к дворянству или известным историческим личностям — это чисто народное образование, сохранившееся в узком кругу семей.