Фамилия Намакинова образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ов/-ев, который в женском роде даёт окончание -а. Основа здесь — Намакин, а она, в свою очередь, восходит к мужскому личному имени или прозвищу Намака. Вопрос в том, что это за имя и откуда оно взялось.

Скорее всего, корень фамилии нерусский. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркскими языками, распространёнными в Поволжье, на Урале и в Сибири. В башкирском, татарском или казахском языках есть слово «намак» или близкие к нему формы, означающие «соль». Соответственно, Намака — это прозвище, которое могли дать человеку, связанному с добычей, продажей или перевозкой соли. Такие «соляные» прозвища встречаются у многих народов, и фамилия Намакинов (а от него — Намакинова) органично вписывается в этот ряд. Менее распространённая версия — происхождение от арабского имени Намак, которое имеет значение «чистота», «поросль», но для фамилии, бытующей в России, тюркская основа выглядит убедительнее.

Географически фамилия Намакина встречается преимущественно в регионах с тюркским населением, прежде всего в Башкортостане и соседних областях. Это косвенно подтверждает версию о её происхождении от тюркского слова. Носительница фамилии — женщина, чей предок по мужской линии, скорее всего, был крестьянином, торговцем или ремесленником, имевшим дело с солью. В любом случае, фамилия редкая и несёт в себе отчётливый след этнического и культурного фона своих первых носителей.