Фамилия Намакшинас — один из тех случаев, когда звучание сразу выдает нерусское происхождение. Это типичная литовская фамилия, образованная по балтийской модели. Если в русских фамилиях доминируют суффиксы -ов, -ев, -ин, то в литовском языке распространены окончания -ас, -ис, -ус. Намакшинас относится к первому, самому частому типу — на -ас, который в русской записи часто переходит в -ас или -ус.

Основа фамилии — Namakš-. Это не общеупотребительное литовское слово, а скорее всего, вариант прозвища или диалектного имени. Ближайшая параллель — литовское слово namas (дом), от которого образовано множество производных: namų (домашний), namelė (домик). Однако суффикс -akš- в литовской антропонимии встречается реже, чем, скажем, -ut- или -el-. Скорее всего, прозвище Намакша (Namakša) дали человеку, связанному с домом: либо домоседу, либо тому, кто строил или сторожил дома. В литовском языке есть и фамилия Namikas (от того же корня), но Намакшинас — более редкая, локальная форма.

Географически фамилия привязана к Литве, особенно к её южной и центральной частям — бывшей Жемайтии и Аукштайтии. В Россию она попала, скорее всего, в XIX веке, когда после разделов Речи Посполитой литовские крестьяне и шляхта переселялись в центральные губернии или Сибирь. Встречается она и в Латвии, но там её могли записать как Намакшинс (латышский вариант окончания).

Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилии подвижное. В форме Namãkšinas ударение падает на второй слог, но в русском языке его часто смещают на последний — Намакшина́с. Это нормально: при заимствовании фамилий из балтийских языков русские носители часто «выравнивают» ударение по аналогии с другими заимствованными фамилиями на -ас (Купринас, Мажвидас).

Социальный статус предков определить сложно. Окончание -ас не указывает на дворянство — в Литве такие фамилии носили и крестьяне, и мелкие шляхтичи. Но если бы фамилия была шляхетской, она, скорее всего, сохранила бы польскую форму (с окончанием -ский или -ич). Поэтому Намакшинас — фамилия крестьянского или мещанского происхождения, закрепившаяся после отмены крепостного права в Российской империи, когда литовцам начали массово давать постоянные фамилии.