Фамилия Наненков — редкий случай, когда за внешне прозрачной формой скрывается неочевидная основа. На первый взгляд, корень «Нанен-» выглядит как искажённое имя или прозвище, но при ближайшем рассмотрении выясняется, что перед нами, скорее всего, «окающий» вариант фамилии Ноненков.

Ключ к разгадке — суффикс -енк-, характерный для украинской, белорусской и южнорусской модели патронимических фамилий. Он указывает на происхождение от прозвища или имени, которое заканчивалось на -о, -а или согласный: Наненко — это «сын Нани» или «человек, относящийся к Нане». А вот сама основа «Наня» — это уменьшительная форма от канонического имени Иоанн (Иван), но не прямая, а через диалектную цепочку: Иван → Ваня → Наня. Переход начального «В» в «Н» встречается в южнорусских и украинских говорах (ср. «Нюрка» от Варвара, «Нюра» от Анна), а также под влиянием аканья, где безударное «о» звучит как «а». Таким образом, Наня — то же, что и Ваня, только в местном произношении.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с прозвищем от диалектного глагола «нанять» — взять внаём. В таком случае Наненко — потомок человека, которого прозвали Наня за склонность к найму или за то, что он сам часто работал по найму. Однако патронимическая модель с суффиксами -енко/-енков почти всегда отталкивается от личного имени, а не от глагольной основы, поэтому версия с Иваном выглядит убедительнее.

Носители фамилии Наненков традиционно сосредоточены в регионах, где пересекались русские и украинские диалекты: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также восток Украины (Сумщина, Харьковщина). Окончание -ов — поздний русификатор, добавленный при переписях или переходе в великорусскую среду: украинское Наненко превратилось в Наненков по аналогии с Иванов, Петров.

Фамилия Наненков — наглядный пример того, как диалектное произношение имени, записанное в документах, закрепилось в качестве родового. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был просто Иваном, но в местном говоре его звали Няней или Наней, а его дети пошли по фамилии деда. Никаких дворянских корней или известных исторических личностей за фамилией не числится — это чисто крестьянская, народная ономастика, отражающая живую речь.