Фамилия Нанышев — редкий пример того, как в одной словоформе сплелись разные языковые традиции. Разбирать её стоит не с корня, а с суффикса, потому что именно он задаёт направление поиска. Формант -ыш/-иш в фамилии указывает на восточное или кавказское происхождение личного имени, от которого она образована: в тюркских языках и на Кавказе этот суффикс активно участвовал в создании имён. В буквальном смысле он передавал оттенки «товарищ, спутник, помощник», «ровня, равноценный», «народ, семья, род», а также «пара, прибавление, добавка». То есть имя с таким суффиксом часто означало «тот, кто дополняет», «второй», «помощник».

Основная версия происхождения фамилии связана с шорским словом «наныш», которое переводится как «возврат (чего-либо)». Шорцы — тюркский народ, живущий на юге Сибири, в Горной Шории. Вряд ли слово использовалось как имя напрямую, скорее как прозвище. Человек, получивший такое прозвище, мог быть ответственным и добросовестным: тот, кто возвращает долги, держит слово, не бросает начатое. Прозвище закрепилось за ним, а затем перешло к детям в форме притяжательного прилагательного «Нанышев», то есть «сын Наныша».

Вторая гипотеза выводит основу из адыгского имени Наныу, которое означает «ребёнок», «дитя». При добавлении тюркского суффикса -ыш получалась уменьшительно-ласкательная или «парная» форма — Наныш. В этом случае фамилия Нанышев — памятник кавказской культуры, а её носитель — потомок человека, которого ласково называли «дитятко» или «младшенький». Имена с таким значением давали не только младенцам, но и младшим детям в семье, чтобы подчеркнуть их место и роль.

Какая версия правдоподобнее? Обе имеют право на жизнь, но шорская выглядит убедительнее по географии. Фамилия с корнем «наныш» чаще встречается в Сибири, где шорское влияние исторически было сильным. Адыгская версия возможна, но требует допущения о миграции имени через несколько языковых границ, что для редкой фамилии менее типично. Впрочем, окончательный ответ могла бы дать только родословная конкретной семьи: если предки жили в Горной Шории, версия с «возвратом» почти наверняка верна.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Наныш добавлен суффикс -ев, указывающий на принадлежность. Так что с точки зрения русского языка фамилия ведёт себя привычно, хотя корень в ней нерусский. Носители фамилии, скорее всего, происходят из смешанной среды, где тюркские имена адаптировались под русскую систему отчеств и фамилий — типичная история для Сибири и Поволжья, где бок о бок жили разные народы.

Точных сведений о сословии или известных носителях фамилии в открытых источниках нет, поэтому здесь честнее остановиться: Нанышевы — фамилия редкая, и её история восстанавливается по языковым уликам, а не по документам. Но именно эта редкость и делает её ценной: в ней сохранился след слова, которое сегодня почти исчезло из живого употребления.