Фамилия Нанышев, судя по всему, имеет тюркские корни, и её происхождение связано с личным именем или прозвищем Наныш. Наиболее вероятная версия возводит основу к шорскому слову «наныш», которое переводится как «возврат (чего-либо)». Вряд ли это был прямой намёк на возврат долга или вещи; скорее, прозвище Наныш могли дать человеку ответственному и добросовестному, на которого можно положиться и который всегда возвращает взятое. Такая характеристика легко закреплялась за человеком в небольшой общине и переходила к его детям в виде фамилии.

Существует и вторая гипотеза, более сложная. Согласно ей, имя Наныш могло образоваться от адыгского имени Наныу («ребенок», «дитя») с присоединением тюркского суффикса -иш/-ыш. Этот суффикс в восточных и кавказских именах имел широкий спектр значений: «четный, парный», «товарищ, спутник, помощник», «ровня, подобный», а также «семья, род». В данном контексте суффикс мог означать «пара, прибавление, добавка», что делало имя Наныш чем-то вроде пожелания прибавления в семье или указания на младшего, долгожданного ребёнка.

Сам способ образования фамилии — через притяжательный суффикс -ев — указывает на то, что Нанышевы — это потомки человека по имени Наныш. Фамилия закрепилась в форме «чей ты?» — Нанышев, то есть сын, внук или более дальний потомок Наныша. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от иноязычных имён, и не содержит указания на сословие: её могли носить и крестьяне, и служилые люди, принявшие православие.

География фамилии сегодня не слишком широка, но встречается она преимущественно в регионах, где исторически проживали тюркские народы, а также в местах их смешанного расселения с русскими. В написании фамилии возможны варианты — Нанышев и Нанышов, что связано с передачей безударного гласного после шипящего на письме. В целом, несмотря на редкость, фамилия Нанышев — это яркий пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую словообразовательную модель, стало полноценной русской фамилией, сохранившей память о своём восточном происхождении.