Фамилия Наплывин — одна из тех, где корень звучит необычно, а значение, скорее всего, лежит не в книжной, а в живой народной речи. Слово «наплыв» в русском языке многозначно, но для прозвища, от которого пошла фамилия, важнее всего два значения: либо то, что наросло, натекло (например, наплыв на дереве — кап, нарост), либо резкое появление, внезапное скопление (наплыв людей, наплыв воды).

Скорее всего, прозвище Наплыва (или Наплыв) дали человеку по внешней особенности — например, за шишку на теле, крупную бородавку или припухлость. В говорах «наплыв» могло означать и опухоль, и нарост, и даже жировик. Такие прозвища по физическим приметам давали часто: Горбатый, Кривой, Шишка. Второй вариант — прозвище по характеру: «наплывной» человек, то есть внезапный, неожиданный, навязчивый. Третий, менее вероятный, связан с профессией: «наплывщиками» в некоторых местах называли тех, кто наводит наплавные мосты, но это редкое употребление.

Фамилия образована по простой и продуктивной модели: основа «Наплыв-» плюс суффикса «-ин». Суффикс «-ин» в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Наплывин, то есть сын или потомок Наплывы. Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, мы бы получили Наплывов, но здесь работает правило для основ на -а/-я. Фамилия однозначно русская, не заимствованная.

С географией сложно: фамилия редкая. В дореволюционных списках и современных базах она встречается точечно, без явного гнезда. Можно предположить, что она бытовала в северных или центральных губерниях — там, где слово «наплыв» в значении «нарост» было в ходу. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость: она не вошла в основной фонд, осталась локальной.

Интересно, что у фамилии есть «родственники» — Наплывов, Наплывкин, но все они единичны. Если ваш предок носил фамилию Наплывин, он, скорее всего, был крестьянином или мещанином, а прозвище получил либо за заметную внешнюю черту, либо за манеру внезапно появляться. Дворянских корней здесь нет — по структуре это типичная «прозвищная» фамилия низших сословий.