Фамилия Наплывина — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не внешность, а природное явление или состояние. Её ядро — глагол «наплывать» или существительное «наплыв». В старом русском языке «наплыв» означал не только набегание воды, но и внезапное нахлынувшее чувство, а в переносном смысле — наглого, навязчивого человека. Скорее всего, прозвище Наплыва (или Наплыв) дали человеку с резким, напористым характером или тому, кто «наплывал» на других, то есть нападал, приставал. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Наплывин сын, то есть потомок этого Наплывы.

Словообразовательная модель здесь простая, но основа необычна. Фамилия образована не от имени, а от прозвища, причём с нулевым суффиксом в мужской форме (Наплыв → Наплывин). В женском варианте — Наплывина — это просто форма жены или дочери носителя фамилии. В ономастических справочниках, вроде работ Б. Унбегауна, такие фамилии относят к «прозвищным», образованным от отвлечённых существительных или глагольных основ. Подобные примеры — Наплывов, Наплывский, но они ещё реже.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где диалектное слово «наплыв» было в ходу. Встречается она крайне редко — это не массовая фамилия, а локальная, возможно, из одной или двух родовых ветвей. В архивах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян или посадских людей с таким прозвищем, но документальных подтверждений известной личности под этой фамилией нет.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй слог (Наплы́вина), так и на первый (На́плывина). Второй вариант, вероятно, старше — он сохраняет ударение исходного глагола «наплы́ть». Первый — результат бытового смещения, когда фамилию упрощали на слух. Поэтому, если вы встретите оба написания в документах, это не ошибка, а естественная вариативность.