Фамилия Напненко — редкий случай среди украинских фамилий на -енко. Если большинство таких фамилий (Шевченко, Коваленко, Ткаченко) образованы от названий профессий или личных имён, то основа «Напн-» явно не отсюда. Приглядимся: это не имя и не ремесло. Скорее всего, перед нами прозвище, связанное с действием или состоянием.

Корень «напн-» восходит к глаголу «напнути» — в украинском языке это значит «натянуть», «напрячь». В диалектах встречается и значение «надеть» (например, напнути шапку). Человек мог получить прозвище Напненко за манеру натягивать одежду, за привычку хмуриться (напружувати лоба) или за то, что он был настойчивым, «напряжённым» в делах. Версия с одеждой правдоподобнее: прозвища по предметам гардероба или способу носить вещи встречаются часто (Шапка, Чобот, Кожух). Здесь же — глагольная форма, застывшая в прозвище.

Суффикс -енко типичен для Поднепровья и Левобережной Украины. В XVII–XVIII веках так оформляли детей по отцу: Напненко — сын Напни (или Напного). Фамилия могла возникнуть в среде казаков или крестьян, где прозвища фиксировали бытовые черты. В дворянских родах такие основы почти не встречаются.

Известных носителей с этой фамилией в истории нет — она осталась локальной. Географически фамилия рассеяна: встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в России, куда попала с переселенцами. Написание стабильное, без вариантов вроде Напненко/Напненков — украинская модель сохранилась.

Сравните с однокоренными: Напний, Напнутый, Напневич. Все они редки и указывают на ту же глагольную основу. Фамилия Напненко не даёт точного указания на занятие предка, но зато сохраняет живую черту его поведения или внешности — то, что в XVI–XVII веках было достаточно, чтобы закрепиться в родовом имени.