Фамилия Наракшина образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Наракшин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Наракша. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Наракша. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцовскому имени или роду занятий, фамилии на -ин нередко закреплялись за людьми, чьё прозвище оканчивалось на -а или -я, и были особенно типичны для северных и центральных областей России.

Корень «нарак-» в русских говорах не встречается в качестве общеупотребительного слова, что делает фамилию редкой и этимологически непрозрачной. Наиболее вероятное объяснение — иноязычное происхождение основы. Фамилия могла возникнуть в среде, где русский язык контактировал с тюркскими или финно-угорскими языками. В тюркских языках есть имя Нарык (с вариантом Нарыкбай) и слово «нарык» со значением «худой, тощий», а также «нарак» — «гранат» (плод). В татарском языке «нарак» означает «редкий, нечастый». В финно-угорских языках, например в марийском, «нара» — «гладкий, ровный». Прозвище Наракша могло быть дано человеку с определёнными внешними чертами (худощавость, гладкая кожа) или же быть адаптацией иноязычного имени.

Суффикс -ш- в основе (Нарак-ш-а) характерен для русских прозвищ и имён, образованных от иноязычных корней. Сравните: Аракша, Буракша, Куракша. Такая модель часто встречается в фамилиях, возникших на территории бывшего Казанского ханства и в Поволжье, где русское население соседствовало с тюрками. Поэтому географически фамилия Наракшина, скорее всего, имеет корни в Среднем Поволжье (современные Татарстан, Чувашия, Нижегородская область) или на Урале.

Фамилия не дворянская и не относится к числу старых княжеских или боярских родов. Скорее всего, Наракшины — потомки крестьян, посадских людей или однодворцев, получивших фамилию после отмены крепостного права или даже раньше, в XVI–XVII веках, когда прозвища фиксировались в переписных книгах. Встречаемость фамилии низкая, что подтверждает её локальный характер: она могла сохраниться в одном-двух селениях и не распространиться широко. Склонение фамилии стандартное: женский вариант Наракшина не меняется по падежам, мужской Наракшин склоняется как прилагательное (Наракшина, Наракшину).