Фамилия Натоптаная — редкий случай в русской ономастике, где прозвище, основанное на действии, превратилось в фамилию, сохранив при этом женский род. Обычно фамилии на -ая закреплялись за женщинами (например, вдовами) или давались по имени матери, но здесь основа — глагол «натоптать» — указывает на конкретное бытовое действие.

Самая вероятная версия происхождения: прозвище Натоптаный могли дать человеку, который много ходил, «натоптал» дорожку, или, наоборот, тому, кто наследил в доме, оставил грязные следы. В крестьянской среде такое прозвище могло относиться к непоседе, пешеходу, страннику или просто неаккуратному человеку. В говорах «натоптать» имело и переносное значение — «натворить, напутать», так что не исключена ироничная характеристика.

Модель образования фамилии нестандартна. В русской традиции фамилии от прилагательных женского рода на -ая обычно возникали в южнорусских и украинских землях, где была распространена форма «Натоптаная» (с ударением на второй слог). В северных и центральных регионах скорее появилась бы форма Натоптанов или Натоптанцев. Суффикс -н- указывает на страдательное причастие: «натоптанный» — то, что истоптано. Фамилия могла закрепиться за женщиной, которую в документах записали как «вдова Натоптаная», а затем передалась детям без изменения окончания.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не фиксируется в массовых списках дворянских или купеческих родов. Скорее всего, Натоптаная — фамилия однодворческая или крестьянская, возникшая на юге России (Курская, Воронежская губернии) или на Украине. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные примеры не описываются, что подтверждает её локальный и редкий характер.

Известных носителей с такой фамилией в истории нет — ни в дореволюционных справочниках, ни в советских энциклопедиях. Это типичная «говорящая» фамилия, которая рассказывает о быте предков больше, чем дата или сословие: её корень — в повседневном движении, в следах, оставленных на земле.