Фамилия Нацибуллин — одна из тех, что почти сразу выдают тюркские корни. Её основа — арабское имя Нацибулла (встречаются варианты Насибулла, Наджибулла), которое состоит из двух частей: «нациб» (или «насиб», «наджиб») — «благородный», «достойный», «родовитый», и «улла» — сокращённая форма «Аллах». В сумме имя означает «благородный слуга Аллаха» или «достойный Аллаха». Фамилию образовали по русской модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин: к основе Нацибулл- добавили -ин, и получилось буквально «чей?» — «сын Нацибуллы».

С точки зрения географии, фамилия Нацибуллин распространена прежде всего у татар и башкир. Это неудивительно: именно в этих тюркских народах исламские имена арабского происхождения были особенно популярны, а после крещения или при получении паспортов в XIX–XX веках их адаптировали к русской фамильной системе. Интересно, что ударение в фамилии чаще падает на последний слог — Нацибулли́н, что типично для татарских фамилий, русифицированных через суффикс -ин (сравните: Абдуллин, Галиуллин).

Встречается и вариант написания с буквой «с» — Насибуллин. Это не ошибка, а отражение разного произношения исходного арабского имени: в одних диалектах звук «с» перешёл в «ц» (так называемое цоканье), в других остался твёрдым. Оба варианта — однокоренные, и носители фамилий Нацибуллин и Насибуллин, скорее всего, потомки людей, носивших одно и то же имя.

Сословно предки Нацибуллиных могли быть кем угодно: от мулл и торговцев до крестьян. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или социальный статус — она лишь фиксирует имя отца. Однако сам факт, что имя было арабским и религиозным, говорит о том, что семья была мусульманской и, вероятно, грамотной, поскольку такие имена давали в семьях, где знали Коран и арабскую письменность.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая «родня» — фамилии Набиуллин (от имени Набиулла — «пророк Аллаха») и Назмутдинов (от «назм» — «порядок», «стих»). Все они построены по одному принципу: арабское имя + русский суффикс -ин. Так что Нацибуллин — это не редкая аномалия, а типичный пример того, как исламская ономастика вписалась в русскую фамильную традицию Поволжья и Приуралья.