Фамилия Натыкина — женская форма фамилии Натыкин, и её разбор стоит начать с необычной основы. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Натыкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Натыка. Само прозвище образовано от глагола «натыкать», который в старых говорах имел несколько значений.

Самое прямое — «воткнуть, всадить, наколоть». В этом случае Натыкой могли прозвать человека, занятого установкой кольев, вех, тычин для растений, либо того, кто работал с острыми предметами — например, бондаря (натыкал обручи) или портного (натыкал иглой). Но есть и переносный смысл: в диалектах «натыкать» означало «натолкнуть, навести на что-то», а «натыка» — беспокойный, всюду сующийся человек, задира. В ономастике такие прозвища по поведению — частый источник фамилий, поэтому версия с «назойливым, приставучим» человеком выглядит не менее правдоподобно.

Географически фамилия Натыкин встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. Это указывает на её происхождение в среде крестьян и однодворцев — там прозвища часто становились фамилиями без изменений, а суффикс -ин закрепился как стандартный для обозначения потомков. Сравните с однокоренными фамилиями Тыкин (от «тыкать»), Натыкач (украинский вариант) или Натыкинский — последняя встречается реже и имеет уже не прозвищное, а топонимическое происхождение (от названия села Натыкино, которое могло возникнуть от того же прозвища).

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» нет прямого упоминания Натыкина, но модель образования типична для так называемых «глагольных» фамилий — от основы настоящего времени (натыка- + -ин). Такие фамилии часто несли отпечаток характера или профессии первого носителя, и Натыкин здесь не исключение: перед нами либо прозвище мастера, либо меткая характеристика человека.

Спорных версий две: от имени Натыка как производного от канонического имени Афанасий (через просторечную форму Натыс) — но это маловероятно, так как суффикс -ык нехарактерен для русских уменьшительных форм. Либо от тюркского корня, но без твёрдых доказательств. Наиболее обоснованным остаётся славянское прозвищное происхождение.