Фамилия Науджина — редкий случай, когда суффикс -ин стоит не на привычном месте. В русских фамилиях -ин обычно присоединяется к основе на -а или -я (Петров — Петина, Кузьмин — Кузьмина). Здесь же мы видим основу «Наудж», которая не похожа на славянское имя или прозвище. Это первый сигнал, что корни фамилии, скорее всего, иноязычные.

Вероятнее всего, фамилия Науджина — это русифицированная форма литовской или латышской фамилии. В балтийских языках распространена фамилия Naujokas (лит.) или Naujoks (латыш.), что означает «новичок», «пришелец», «новый человек». В русской среде, особенно в пограничных с Литвой и Латвией областях (Псковская, Смоленская, Калининградская губернии), такие фамилии могли адаптировать, добавив типичный русский суффикс -ин. Так Naujokas превращался в Науджокас, а затем, при записи в документы, в Науджин (женская форма — Науджина). Звук «к» в литовском произношении мог перейти в «дж» под влиянием местных говоров.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Наудж или Науджа. В средневековых писцовых книгах встречаются единичные упоминания людей с корнем «Науд» в Пскове и Новгороде, но это скорее исключение, чем правило. Словарь Веселовского таких фамилий не фиксирует, что подтверждает их неисконно русское происхождение.

Таким образом, носитель фамилии Науджина с высокой долей вероятности происходит из семьи, где предок был литовцем или латышом, получившим прозвище «Новичок» — возможно, переселенцем или человеком, недавно вошедшим в общину. Фамилия закрепилась в России в XIX веке, когда шёл активный учёт населения в западных губерниях. Сегодня она встречается крайне редко, в основном в северо-западных регионах России и в Литве.