Фамилия Навакус — редкая и нестандартная для русского ономастикона. Её форма сразу выбивается из типичных фамильных моделей: нет суффикса -ов, -ин или -ский, нет окончания -ой или -ый. Перед нами либо искусственное образование, либо фамилия, заимствованная из другого языка и адаптированная на русской почве.

Наиболее вероятная версия — латинское или псевдолатинское происхождение. Основа «нава» (лат. navis — корабль) и суффикс -кус, характерный для латинских прилагательных (ср. «мортикус» — смертный, «публикус» — общественный), могли сложиться в фамилию-прозвище в среде духовенства или семинаристов. В России XVIII–XIX веков была распространена традиция давать «благозвучные» фамилии воспитанникам духовных училищ. Семинаристам нередко присваивали фамилии на латинский манер, часто связанные с церковными понятиями, добродетелями или символами. «Навакус» могло означать «корабельный» или «принадлежащий кораблю» — возможно, как намёк на «корабль спасения» (церковь) или на мореплавание как жизненный путь.

Менее вероятная, но возможная версия — западноевропейское происхождение. Фамилия могла прийти из немецкого, голландского или скандинавского языков, где корень «nav-» тоже связан с морем. В этом случае -кус — не латинский суффикс, а искажённое окончание при переезде (например, Navackus или Navakus). Однако документальных подтверждений бытования фамилии в Западной Европе нет, и встречается она почти исключительно в русскоязычных записях.

Географически фамилия Навакус встречается единично, в основном на юге России и в Сибири. По данным открытых источников, носители зафиксированы в Краснодарском крае, Ростовской области и Новосибирской области. Это указывает на то, что фамилия не была распространена широко, а возникла в конкретном роду, возможно, после выхода из духовного сословия.

Морфологически фамилия склоняется как существительное мужского рода второго склонения: Навакус, Навакуса, Навакусу. В женском варианте остаётся неизменяемой. Из-за редкости фамилия не имеет устоявшихся однокоренных вариантов или уменьшительных форм — она существует в единственном числе, как уникальный маркер рода.