Фамилия Наваткис звучит нехарактерно для стандартной русской модели, и это сразу подсказывает её происхождение. Скорее всего, перед нами не славянская, а литовская или латышская фамилия. Характерный суффикс -ис (-is) в конце — верный признак литовского окончания, обозначающего именительный падеж мужского рода. В латышском языке окончание будет -с (-s), но в русской передаче оно часто записывается как -ис. Таким образом, фамилия Наваткис — это литовская (или латышская) фамилия, русифицированная в написании.

Основа фамилии — Наватк- (Navatk-). В литовском языке можно выделить корень «nav-», который родственен слову «naujas» — новый. Вторая часть, «-atk-», может быть уменьшительным или прознищным суффиксом. Вполне вероятно, что исходное прозвище Наватка (Navatka) означало «новичок», «новый человек» или «пришлый». Такие прозвища давали переселенцам, тем, кто только обосновался в деревне, или младшему в роду. По другой версии, корень может восходить к балтийскому «navyti» — гнать, преследовать, но это менее вероятно: прозвище «Новый» встречается у балтов гораздо чаще.

Географически фамилия Наваткис (и её варианты Наватка, Наваткявичюс) сосредоточена на территории Литвы и исторической Жемайтии. В России она редка и встречается в основном среди потомков литовцев, переселившихся в XIX-XX веках в Сибирь, на Дальний Восток или в центральные области. В советское время многие балтийские фамилии могли записывать на русский лад, но окончание -ис сохранили, так как оно было отличительным.

С точки зрения социального контекста, фамилия Наваткис не указывает на дворянское или шляхетское происхождение. В Литве фамилии с окончанием -ис чаще всего принадлежали крестьянам или горожанам, реже — мелкой шляхте. Прозвище «Новый» могло закрепиться за крепостным, переведённым из другого имения, или за свободным поселенцем. Словообразовательная модель проста: от прозвища Наватка через патронимический суффикс (указание на сына) образовалась форма Наваткис — то есть «сын Наватки». Аналог в русском языке — фамилия Новиков, которая имеет ту же семантику «новый человек», но образована по другой модели.